莎车县维吾尔医医院成立于1976年建立，总面积6770㎡（10.2亩），于1986年成立为县级二级医院，是一所具备现代化诊疗设备和制药条件，以维吾尔医医疗为主，辅助维、西医结合诊疗、预防保健、临床教学、科研及维吾尔医药研究、研制和生产维吾尔医药为一体的的医疗机构。2013年10月搬迁新医院（旅游路002号），医院面积为66600；业务面积为：31306.16 m²，2014年下达的【新中民医药医函〔2014〕34号】通知和【国中医药医政医管便函〔2014〕16号】通知，我院评审结果达到了二级甲等民族医的标准，评为二级甲等民族医公立医院(编号:MZEJ431043)，2014年10月新疆维吾尔自治区文化厅，根据《关于开展新疆非物质文化遗产保护传承基地建设及命名工作的通知》要求，全疆各地州（市）文化主管部门积极开展并顺利完成推荐工作，莎车县维吾尔医医院通过评审，评为新疆维吾尔自治区非物质文化遗产传承基地。2005年11月17日已成为新疆维吾尔自治区维吾尔医药技术项目基地，新疆维吾尔医医学专科学校的实习医院；2016年10月31日在自治区维吾尔医医院开启的启动会并于我院签署了合同后通过自治区科研室所批准下来的由喀什主办，自治区维吾尔医医院，莎车县维吾尔医医院协助而开展的“三种白癜风准字维药对不同体液分型白癜风患者的临床疗效和安全性评价”的科研项目，重点专科建设项目单位。